Por secreto industrial se entiende toda información o conocimiento reservado sobre ideas, productos, procedimientos industriales, etc., que la PYME desea mantener ocultos. Todo aquello que es conocido por el público en general o que es conocido en una determinada rama de la industria, no puede considerarse secreto industrial.

La primera decisión que debe tomar una PYME antes de seguir con el desarrollo de una invención es protegerla como patente (se dará a conocer al público en general mediante su publicación) o mantenerla como secreto industrial (se mantendrá oculta su descripción y manera de realización).

En los casos en los que se decida mantener la invención como secreto industrial se deberá priorizar la confidencialidad de la información y adoptar los modelos de contratos redactados "ad hoc" para la protección de la invención, así como medidas necesarias para el mantenimiento de la confidencialidad.

El secreto industrial no impide que otra PYME llegue al mismo resultado y lo explote libremente e incluso lo proteja por medio de patente que impida su explotación a otras PYMEs (incluido el propio poseedor del secreto).

Los secretos industriales a diferencia de las patentes, no son registrables, se protegen sin necesidad de cumplir ninguna formalidad, sin coste administrativo alguno y durante un periodo ilimitado de tiempo. Sin embargo, frente a los derechos que la obtención de una patente otorga a una PYME, los secretos industriales sólo encuentran respaldo legal frente a divulgaciones realizadas por aquellas personas que se encuentran sujetas a la obligación de guardar secreto, bien porque hayan firmado un contrato específico (contrato de confidencialidad), bien porque exista una relación laboral.